Kyushu'nun sakin bir kasabasında yaşayan Suzume, 17 yaşındadır. Bir gün yolda, kapı aradığını söyleyen genç bir adamla karşılaşır. Onu takip edince dağların arasındaki harap bir binaya ulaşır. Burada, çevresindeki yıkımdan etkilenmemiş gibi görünen, tek başına duran sapasağlam bir kapı bulur. Görünmez bir gücün kendisini kapıya doğru çektiğini hisseden Suzume, elini ona uzatır. Çok geçmeden Japonya'nın dört bir yanında başka kapılar da peş peşe açılmaya başlar. Ancak bu kapıların diğer tarafında bir felaket vardır ve onu engellemek için açılan her kapının kapatılması gerekir. Gizemli kapıların çağırdığı Suzume, ülkenin farklı yerlerine uzanan bir yolculuğa başlayarak bu kapıları kapatma görevini üstlenir.
