Canterlot Lisesi öğrencileri için günler dersler, arkadaşlıklar ve okulun alışılmış temposu içinde geçmektedir. Ancak bir gün okula gelen yeni öğrenciler bu düzeni yavaş yavaş değiştirir. Bu kızlarda hemen fark edilen tuhaf bir hava vardır; geldikleri yerde sihirle beslendiklerine dair söylentiler de kısa sürede yayılır. Equestria Kızları, olanları anlamaya çalışırken işin ucunun sıradan bir okul meselesinden daha öte olduğunu fark eder. Ayna ise iki dünya arasında beklenmedik bir geçit gibi durur ve karakterleri yeni olayların içine taşır. Film, lise ortamındaki günlük hayatı fantastik ayrıntılarla birleştirirken, tanıdık karakterlerin bu garip durum karşısında nasıl davranacağını merak ettirir.
