Ben, Gwen ve Büyükbaba Max, yaratıklarla mücadele ettikleri yoğun günlerin ardından biraz olsun normale dönmeye çalışır. Ben için bu, okul sıraları ve evdeki sıkıcı sorumluluklar demektir; Gwen ve Max de aynı şekilde eski düzenlerine alışmaya uğraşır. Ancak sakinlik uzun sürmez. Ben’in başka bir galaksiden gelen baş düşmanı Eon, Omnitrix’in peşine düşer ve onu ele geçirerek dünyayı yok etmeyi planlar. Böylece sıradan görünen ev ve okul hayatı, Ben’in yeniden harekete geçmesini gerektiren büyük bir tehlikeyle sarsılır. Film, Ben 10 evreninin tanıdık aile dinamiğini korurken Omnitrix’in taşıdığı tehdidi daha belirgin hale getiriyor.
