Scooby-Doo ve ekibi bu kez gizemi gerçek dünyada değil, bir bilgisayar oyununun içinde çözmeye çalışıyor. Fantom Virüsü’nü yakalamaya uğraşırken işler ters gidiyor ve kendilerini, daha önce yaşadıkları maceralardan esinlenen bir oyuna hapsolmuş halde buluyorlar. Oyunun on zorlu bölümü boyunca Scooby, Shaggy, Velma, Daphne ve Fred hem virüsün izini sürüyor hem de her bölümde bambaşka bir dönemin tuhaflıklarıyla karşılaşıyor. Tarih öncesi çağlardan uzay çağına uzanan bu karmaşada, geçmişte alt ettikleri ürkütücü canavarlar da yeniden karşılarına çıkıyor. Film, klasik Scooby-Doo havasını bilgisayar oyunu fikriyle birleştirerek eğlenceli ve hareketli bir serüven sunuyor.
