Scooby-Doo ve ekip, bu filmde yine sakin kalmayı pek başaramıyor. Yolculuklarının başında arabaları, uzay sinyallerini takip eden bir istasyonun yakınlarında kaza yapıyor. Üstelik buna, gökte beliren uçan daireye benzeyen tuhaf bir cisim ve ardından çarptıkları kaktüs neden oluyor. Çölün ortasında neye uğradıklarını anlamaya çalışırken yerel halkla konuşuyorlar, fakat duydukları şeyler kafalarını daha da karıştırıyor. Bu bölge zaten gezip dolaşmak için pek güvenli sayılmıyor; çünkü yıllardır uzaylılar tarafından kaçırıldığı söylenen insanlara dair anlatılar burada neredeyse herkesin bildiği bir mesele haline gelmiş. Scooby-Doo ve arkadaşları, yüksek duvarların ardında saklanan gizli tesislerde aslında neler yaşandığını anlamaya çalışırken korkularıyla ve meraklarıyla baş başa kalıyor.
