Gizli bir laboratuvarda çalışan bir grup bilim insanı, efsanevi Pokemon Mew’in fosilinden elde edilen DNA ile tarihin en güçlü Pokemon’unu yaratmaya çalışır. Uzun süren biyo-mühendislik deneylerinin sonunda Mewtwo ortaya çıkar. Ancak onu meydana getirenler, karşılarında nasıl bir güç olduğunu anlayacak kadar zaman bulamaz. Mewtwo uyandığında laboratuvarı ve yaratıcılarını yok eder. Kendisini kendi isteği dışında, bir deney ürünü gibi var edilmiş bir canlı olarak görür ve bu öfke giderek büyür. Frankenstein’ın canavarını hatırlatan bu yalnız ve kızgın Pokemon, yaşadıklarının hesabını dünyaya kesmeye karar verir. Film, güç, kimlik ve yaratılmış olmanın ağırlığı üzerinden basit ama akılda kalan bir çatışma kurar.
