İlk filmin sonunda Taylor ve Nova, bulundukları yerin yabancı bir gezegen değil, harap olmuş Dünya’nın geleceği olduğunu fark etmişti. Bu film, ikilinin Yasak Bölge’de ilerlemeye devam ettiği noktadan devam eder. Bu sırada Brent adlı bir astronot, Taylor’ı bulmak için bölgeye gelir. At sırtında tek başına dolaşan Nova ile karşılaşınca, genç kadının konuşamamasına rağmen Taylor’ın Yasak Bölge’de kaybolduğunu anlar. Taylor ise yeraltındaki tünellerde yaşayan, telepatik güçlere sahip bir insan topluluğunun elindedir. Kendi inanç düzenlerini kurmuş olan bu insanlar, maymunların Yasak Bölge’yi ele geçireceğine inanmaktadır. Ellerindeki korkunç silah, yalnızca savaşı değil, gezegenin tamamen yok olmasını da beraberinde getirebilecek kadar tehlikelidir.
