İkinci Dünya Savaşı’nı andıran kurgusal bir dönemde, Asya’daki uluslararası bir şehir çeşitli istihbarat örgütlerinin mücadele alanına dönüşür. Japonya’da Yarbay Yuki, klasik askeri disiplinin dışında çalışacak D Kikan adlı bir casusluk okulu kurulmasını önerir. Üstünün emrine karşı geldiği için idam cezasıyla karşı karşıya kalan Kato, bu birime alınır. Ağır bir eğitimden geçen Kato’ya ilk görevi verilir: Amerikan Büyükelçisi Graham’ın Black Note adlı gizli belgelerini ele geçirmek. Kato, belgelerin bulunduğu uluslararası şehre sızdığında Rin adındaki esrarengiz kadınla karşılaşır. Black Note’un peşinde İngiliz ve Sovyet istihbaratlarıyla Japon ordusu içindeki radikal grup da vardır.
