Ninja kardeşler, güzel bir gün geçirmek için Mega Mountain Eğlence Merkezi’ne gider. Eğlence parkındaki vakitleri, televizyonların ünlü ismi Dave Dragon’un gözlerinin önünde kaçırılmasıyla yarıda kalır. Dragon’u kaçıran Lothar Zogg, çocuklardan nefret eden patronu Medusa’nın emriyle hareket etmektedir. Zogg ve adamları eğlence merkezinin çevresini kuşatırken Medusa, merkezin sahibinden on milyon dolar fidye talep eder. Parkta bulunan çocuklar ve çalışanlar bu kuşatma altında kalırken, üç kardeş yaşananları öğrenir. Ninja becerilerini kullanmaya karar veren kardeşler, Dave Dragon’u kaçıranların planını bozmak ve Mega Mountain’daki insanları bu tehlikeden kurtarmak için harekete geçer.
