Samuel Rocky, Jeffrey Colt ve Michael Tum Tum, yaz tatilini Japon dedeleri Mori Tanaka’nın yanında geçirir. Mori, torunlarına ninjalığın temel kurallarını öğretirken dövüş sanatları, dayanıklılık ve zihin gücü üzerine çalıştırır. Üç kardeş, günlük antrenmanlarla hem birbirleriyle rekabet eder hem de öğrendikleri hareketleri geliştirmeye başlar. Bu sırada FBI ajanı olan babaları, silah tüccarı Victor Wong’un peşindedir. Wong, soruşturmayı engellemek ve ajanı zor durumda bırakmak için çocukları hedef alır. Adamın gönderdiği üç beceriksiz kişi, Rocky, Colt ve Tum Tum’u kaçırmaya çalışır. Ancak kardeşler dedelerinden öğrendikleri ninja teknikleriyle kendilerini korur ve Wong’un planlarına karşı harekete geçer.
